在中国，公积金制度是一项重要的社会保障措施，旨在帮助职工积累住房资金。然而，对于农村户口的员工来说，单位是否应当为其缴纳公积金，这一问题涉及到多方面的考量。

首先，根据中国的相关法律法规，公积金的缴纳并不是基于户籍性质，而是基于就业关系。 这意味着，无论是城市户口还是农村户口，只要员工与单位建立了正式的劳动关系，单位就有义务为其缴纳公积金。这一点在《住房公积金管理条例》中有明确规定，确保了所有职工在住房福利方面的平等权利。

然而，实际情况可能更为复杂。在一些地区，特别是经济欠发达的农村地区，公积金制度的普及和执行可能存在一定的滞后。 这可能导致农村户口员工在实际操作中遇到缴纳公积金的困难。单位可能因为对政策理解不足或成本考虑，未能为农村户口员工缴纳公积金。

为了解决这一问题，政府和相关部门应当加强对公积金政策的宣传和执行力度，确保所有符合条件的员工都能享受到应有的住房福利。 同时，单位也应当提高法律意识，依法为所有员工缴纳公积金，无论其户籍性质如何。

此外，员工自身也应当增强权益意识，了解自己的权利，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。 例如，员工可以通过咨询人力资源和社会保障部门，或者寻求法律援助，来确保自己的公积金权益得到保障。

为了更清晰地展示不同地区和单位在公积金缴纳方面的差异，以下是一个简化的表格，列出了几种可能的情况：

地区 单位类型 是否缴纳公积金 一线城市 国有企业 是 二线城市 民营企业 是 三线城市 小型企业 部分缴纳 农村地区 乡镇企业 部分缴纳

通过上述分析和表格，我们可以看到，尽管法律上规定了单位应为所有员工缴纳公积金，但在实际操作中，不同地区和不同类型的单位在执行上可能存在差异。因此，无论是单位还是员工，都应当积极了解和适应相关政策，确保公积金制度的公平有效实施。